1月6日，中國(guó)科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院陳捷凱課題組開發(fā)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)IO軟件“scDIOR”于BMC Bioinformatics雜志在線發(fā)表。該軟件統(tǒng)一了多種單細(xì)胞分析工具的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，使單細(xì)胞數(shù)據(jù)能夠在不同平臺(tái)間快速轉(zhuǎn)換，減少存儲(chǔ)和內(nèi)存消耗，將顯著提升單細(xì)胞研究的效率。

　　單細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用極廣，其數(shù)據(jù)具有樣本量大、信息量大、統(tǒng)計(jì)和挖掘極為復(fù)雜等特點(diǎn)，科學(xué)家往往需要不斷切換不同軟件，不同平臺(tái)來(lái)滿足分析需求。然而，單細(xì)胞數(shù)據(jù)在不同平臺(tái)之間的傳輸存在技術(shù)障礙，導(dǎo)致科學(xué)家將大量的時(shí)間花費(fèi)在數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換上，嚴(yán)重影響研究效率。

　　為了解決上述問(wèn)題，陳捷凱課題組開發(fā)了軟件scDIOR，統(tǒng)一了R和python平臺(tái)的三種主流的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，即Seurat，SingleCellExperiment和Scanpy。通過(guò)scDIOR，單細(xì)胞數(shù)據(jù)以統(tǒng)一的H5格式保存，無(wú)論從哪個(gè)平臺(tái)開始，只需兩行代碼就可實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞數(shù)據(jù)在不同工具包之間的快速轉(zhuǎn)換，支持轉(zhuǎn)錄組和空間組等多種數(shù)據(jù)類型（可繼續(xù)迭代增加），最大程度地保留了原始信息。因此，scDIOR可以快速比較一項(xiàng)分析任務(wù)在不同工具包的差異；依托H5文件格式的“組”，提供部分?jǐn)?shù)據(jù)讀取功能，大幅度減少內(nèi)存消耗和時(shí)間消耗；設(shè)計(jì)了命令行指令，可實(shí)現(xiàn)批量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化。綜上所述，scDIOR可以應(yīng)用建立一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，將不同工具的優(yōu)勢(shì)連接起來(lái)，幫助科學(xué)家更高效地完成單細(xì)胞的研究工作。

　　本研究在陳捷凱研究員和林立惠博士指導(dǎo)下，由生物島實(shí)驗(yàn)室實(shí)習(xí)研究員馮輝堅(jiān)完成。軟件已經(jīng)過(guò)大量用戶使用優(yōu)化，可在GitHub下載（鏈接 https://github.com/JiekaiLab/scDIOR），也歡迎提出寶貴意見（可發(fā)至feng_huijian@grmh-gdl.cn）。

　　論文鏈接

　　單細(xì)胞數(shù)據(jù)IO軟件scDIOR

　　scDIOR很方便地實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)在平臺(tái)間的轉(zhuǎn)換，將不同工具的優(yōu)勢(shì)連接起來(lái)